醫(yī)院是全國肝膽病防治技術示范基地、全國妊娠乙肝防治示范基地，全國脂肪肝規(guī)范診療中心，難治性癌痛規(guī)范化診療示范基地、江蘇省博士后創(chuàng)新實踐基地。國家藥物臨床試驗機構。醫(yī)院同時是江蘇省傳染科醫(yī)療質量控制中心、省中西醫(yī)結合肝病研究中心、省病毒性肝炎診療中心、省重癥瘧疾診療中心、省重危孕產婦救治指導中心、南京市消化病臨床醫(yī)學中心、南京地區(qū)市級胸痛救治中心建設單位。

醫(yī)院有國家臨床重點專科1個，省重點學科、專科7個，市重點專科4個，國家中醫(yī)藥管理局重點研究室1個。其中感染性疾病科為國家級臨床重點專科，感染性疾病學為江蘇省醫(yī)學重點學科。傳染科、腫瘤科、婦產科、普通外科、肝病科、結核科為江蘇省省級臨床重點專科，中西醫(yī)結合科為江蘇省示范中醫(yī)科，腸道及其他傳染病科、檢驗科、醫(yī)學影像科、重癥醫(yī)學科為南京市臨床重點專科，中心實驗室為南京市醫(yī)學重點實驗室。

多年來，醫(yī)院堅持科技興院，重視科研發(fā)展。近五年獲科研成果37項，其中部級獎2項，省科學技術進步獎5項，省衛(wèi)計委醫(yī)學新技術引進獎17項，南京市科學技術進步獎5項。承擔國家自然科學基金13項，傳染病防治國家科技重大專項10項，省部級科研項目30項。編寫專著41部，獲專利證書34項。發(fā)表SCI論文176篇（最高影響因子59.558），中華系列期刊論文90余篇。

“精誠奉獻，惠澤民生”。多年來，南京市第二醫(yī)院堅持公益惠民的宗旨，積極推進醫(yī)聯(lián)體建設，并通過 “黨員示范崗”“黨員志愿者“工人先鋒號”“青年文明號”等創(chuàng)建工作，持續(xù)提升社會效益。醫(yī)院以擔當社會責任為己任，積極參與非典、重癥甲型H1N1流感、H7N9禽流感、埃博拉等重大傳染病救治，奔赴四川雅安地震災區(qū)指導衛(wèi)生防疫工作，圓滿完成青奧會醫(yī)療保障等各項應急保障任務，積極開展援藏、援疆、援非對口支援。醫(yī)院先后榮獲衛(wèi)生部“全國抗非先進集體”、中組部“全國抗非先進黨組織”、全國抗“非典”工作先進基層黨組織、榮獲國家衛(wèi)生計生委“人感染H7N9禽流感疫情防治工作中表現突出單位”、國家埃博拉出血熱疫情防控先進集體榮譽稱號。

風勁帆揚，砥礪前行，如今的南京市第二醫(yī)院，翻開嶄新的一頁。醫(yī)院將通過建設江蘇肝健康聯(lián)盟，進一步創(chuàng)新互聯(lián)網+醫(yī)院模式，建立分級診療和雙向轉診機制，不斷增強醫(yī)療服務核心競爭力和綜合實力。通過南京中醫(yī)藥大學、徐州醫(yī)科大學、東南大學等平臺，力爭成為專科特色顯著、中西醫(yī)并重、綜合能力強的三級甲等醫(yī)院，并在爭創(chuàng)國家級區(qū)域醫(yī)療中心的道路上，拼搏奮進、開拓創(chuàng)新，不斷增進人民群眾健康福祉，向著以人民為中心，以健康促小康的目標，不斷邁進。