醫(yī)院前身系1939年創(chuàng)建于革命圣地延安的中央醫(yī)院，后幾經(jīng)改制，1959年9月經(jīng)西安市人民政府批準(zhǔn)，更名為西安市兒童醫(yī)院。2013年加入北京兒童醫(yī)院集團(tuán)，先后與美國洛杉磯兒童醫(yī)院和以色列施耐德兒童醫(yī)學(xué)中心結(jié)為友好協(xié)作醫(yī)院。

醫(yī)院現(xiàn)有職工2226名，其中高級專業(yè)技術(shù)人員291名，具有博士學(xué)位者21名、碩士學(xué)位者356名、碩士生導(dǎo)師28名、特聘博士生導(dǎo)師2名。有中國醫(yī)院協(xié)會兒童醫(yī)院管理分會副主委、中華醫(yī)學(xué)會兒科分會、小兒外科分會等學(xué)會委員及專業(yè)組成員166人，是陜西省醫(yī)師協(xié)會副會長單位、西安市醫(yī)學(xué)會兒科分會和小兒外科分會主委單位、陜西省醫(yī)學(xué)會兒科分會候任主委單位、國家和陜西省“綜合醫(yī)院中醫(yī)藥工作示范單位”。中西醫(yī)結(jié)合科是國家中醫(yī)藥管理局“十二五”重點培育專科及陜西省重點中醫(yī)專科，兒內(nèi)科是陜西省優(yōu)勢學(xué)科，泌尿外科是陜西省特色專科，新生兒科獲批陜西省臨床重點專科培育項目。兒科、小兒心臟病科、小兒消化科、小兒傳染病科、新生兒科、兒童保健科、小兒泌尿外科為西安市重點專科。小兒重癥醫(yī)學(xué)科、小兒呼吸科、小兒腎病科、小兒麻醉科、兒童行為發(fā)育專業(yè)為西安市優(yōu)勢專科，小兒神經(jīng)內(nèi)科和小兒內(nèi)分泌科為西安市培育專科。

醫(yī)院被確定為陜西省兒科疾病研究所、陜西省兒童疾病臨床研究中心、陜西省兒科疾病診療轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)工程研究中心。為國家住院醫(yī)師規(guī)范化培訓(xùn)基地、國家專科醫(yī)師規(guī)范化培訓(xùn)試點基地、全國綜合醫(yī)院中醫(yī)示范單位、陜西省中醫(yī)住院醫(yī)師規(guī)范化培訓(xùn)基地協(xié)同單位、西安醫(yī)學(xué)院兒科學(xué)系及研究生聯(lián)合培養(yǎng)基地、重慶醫(yī)科大學(xué)研究生聯(lián)合培養(yǎng)基地、陜西中醫(yī)藥大學(xué)研究生聯(lián)合培養(yǎng)基地、西安交通大學(xué)康復(fù)科學(xué)與技術(shù)教學(xué)實習(xí)基地、佳木斯大學(xué)康復(fù)醫(yī)學(xué)院教學(xué)實習(xí)基地、美國兒科中國教育基地以及美國AHA認(rèn)證培訓(xùn)基地、陜西省兒科醫(yī)師進(jìn)修教育培訓(xùn)基地、陜西省兒科醫(yī)師轉(zhuǎn)崗培訓(xùn)基地、陜西省縣級醫(yī)療機(jī)構(gòu)醫(yī)療技術(shù)人員培訓(xùn)基地、陜西省貧困地區(qū)兒童醫(yī)療保健人員培訓(xùn)基地。并附設(shè)有陜西省兒童疑難危重癥多學(xué)科會診中心、陜西省手足口病救治中心、陜西省兒童哮喘防治中心、西安市殘疾兒康復(fù)中心、陜西省孤獨癥兒童搶救性康復(fù)項目定點機(jī)構(gòu)和西安市孤獨癥兒童搶救性康復(fù)項目定點機(jī)構(gòu)。

醫(yī)院不斷加大資金投入，引進(jìn)和更新了一大批大中型設(shè)備，如3.0T、1.5T核磁共振、64排螺旋CT機(jī)、數(shù)字減影與心血管造影綜合介入治療系統(tǒng)、體外循環(huán)機(jī)、數(shù)字?jǐn)z像系統(tǒng)（DR）、數(shù)字胃腸造影機(jī)、四維高端彩色多普勒超聲診斷儀、電子胃腸鏡、支氣管鏡、腹腔鏡、尿動力學(xué)分析儀、血液透析過濾機(jī)、連續(xù)性血液凈化裝置、流式細(xì)胞儀、串聯(lián)質(zhì)譜儀、基因分析儀、移動C型臂、皮膚激光治療儀、早產(chǎn)兒視網(wǎng)膜診斷儀、高端多功能麻醉工作站等。

醫(yī)院積極發(fā)揮區(qū)域引領(lǐng)作用，2015年成為陜西省兒童醫(yī)療聯(lián)合體主體單位，成員單位55家，2018年牽頭組建“西北兒科聯(lián)盟”，成員單位68家，區(qū)域影響力不斷擴(kuò)大。

醫(yī)院先后被評為西安市先進(jìn)集體、陜西省先進(jìn)集體、陜西省文明單位標(biāo)兵、陜西省先進(jìn)基層黨組織、全省衛(wèi)生系統(tǒng)“白求恩精神獎先進(jìn)集體”、“巾幗文明崗”、全國文明單位、“群眾滿意的醫(yī)療機(jī)構(gòu)”等。近年來，在市委、市政府的大力支持下，醫(yī)院就醫(yī)環(huán)境不斷改善，門診醫(yī)技綜合樓、感染病房樓已相繼投入使用。全院職工秉承“厚德 至善 精業(yè) 進(jìn)取”的院訓(xùn)，不斷提高醫(yī)療質(zhì)量和服務(wù)水平，努力創(chuàng)建國家區(qū)域性兒童醫(yī)療中心，力爭打造成全國一流兒童醫(yī)院。