1986年，中山醫(yī)科大學(xué)派出以梅驊教授為首的醫(yī)療團(tuán)隊(duì)支援深圳特區(qū)衛(wèi)生事業(yè)，組建了中山醫(yī)科大學(xué)深圳醫(yī)療中心。1997年升級(jí)為中山醫(yī)科大學(xué)深圳泌尿外科醫(yī)院。同年，“中國(guó)試管嬰兒之父”中山醫(yī)科大學(xué)莊廣倫教授在本院創(chuàng)建深圳首家試管嬰兒中心，也是首批獲得衛(wèi)生部門(mén)批準(zhǔn)實(shí)施輔助生殖技術(shù)的生殖醫(yī)學(xué)中心之一，最早為深圳市民提供第一代和第二代試管嬰兒技術(shù)服務(wù)。2003年因中山大學(xué)與中山醫(yī)科大學(xué)合并，醫(yī)院改制并更名為深圳中山泌尿外科醫(yī)院。醫(yī)院以用精湛的醫(yī)術(shù)和高度的責(zé)任感承載生命為己任，致力于建設(shè)以生殖醫(yī)學(xué)為主體，具有領(lǐng)先技術(shù)、現(xiàn)代化、區(qū)域性的專科醫(yī)院。

2009年在深圳市政府支持下，醫(yī)院由羅湖搬遷至福田中心區(qū)，辦醫(yī)條件顯著改善，同年成立生殖與遺傳研究所。截至2019年10月31日，醫(yī)院共有職工377人，其中醫(yī)務(wù)人員232人，中高級(jí)職稱78人，碩博士49人，海外高層次人才3人。生殖醫(yī)學(xué)中心的試管嬰兒治療連續(xù)三年均超過(guò)5000取卵周期且逐年遞增，排名深圳第一。截至目前，經(jīng)我院輔助生殖誕生的試管寶寶已有30000多名。在深圳市醫(yī)療行業(yè)公眾滿意度調(diào)查中連續(xù)多年獲得全市社會(huì)辦醫(yī)院滿意度前三名的優(yōu)異成績(jī)，連續(xù)十余年榮獲深圳市醫(yī)保信用等級(jí)AAA級(jí)單位。在丁香園及麥肯錫發(fā)起的「中國(guó)醫(yī)療機(jī)構(gòu)最佳雇主評(píng)選」中，我院連續(xù)高分獲評(píng)為最佳雇主單位。

醫(yī)院于2006年開(kāi)始探索性開(kāi)展生殖免疫學(xué)研究，并于2010年正式成立生殖免疫診療中心，以解析復(fù)發(fā)性流產(chǎn)及反復(fù)胚胎種植失敗的病因?qū)W和探索臨床干預(yù)方案為目標(biāo)。我院科研秉承科研“源于臨床，服務(wù)臨床”的理念，圍繞臨床面臨的實(shí)際問(wèn)題開(kāi)展應(yīng)用性基礎(chǔ)研究及前瞻性臨床研究，以期實(shí)現(xiàn)對(duì)患者的精準(zhǔn)診療。近10年來(lái)，我院先后組建深圳中山生殖與遺傳研究所、深圳市優(yōu)勢(shì)醫(yī)學(xué)重點(diǎn)學(xué)科（群）-生殖實(shí)驗(yàn)室、博士后創(chuàng)新實(shí)踐基地、深圳市圍著床期生殖免疫重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、深圳市“醫(yī)療衛(wèi)生三名工程”、廣東省圍著床期生殖免疫工程技術(shù)研究中心等。承擔(dān)國(guó)家及省市級(jí)科研課題56項(xiàng)，科研經(jīng)費(fèi)近3000萬(wàn)元，發(fā)表科研論文465篇，其中SCI論文近60篇，授權(quán)國(guó)家發(fā)明及實(shí)用新型專利18項(xiàng)。同時(shí)，我院科研人員承擔(dān)了包括《Seminars in Immunopathology》、《Human Reproduction》、《Scientific Report》、《Reproduction》、《American Journal of Reproductive Immunology》、《Journal of Reproductive Immunology》在內(nèi)的10余本雜志的審稿義務(wù)，年均審稿超過(guò)50篇。

深圳中山泌尿外科醫(yī)院的學(xué)科建設(shè)立足國(guó)際化視野，自成立之初便向國(guó)內(nèi)外最優(yōu)秀的研究機(jī)構(gòu)學(xué)習(xí)。2014-2017年，我院連續(xù)主辦或合辦四屆“國(guó)際生殖免疫新進(jìn)展學(xué)術(shù)研討會(huì)”，會(huì)議邀請(qǐng)了國(guó)內(nèi)外免疫學(xué)、風(fēng)濕免疫學(xué)及生殖免疫學(xué)等領(lǐng)域的知名專家學(xué)者，就生殖免疫學(xué)前沿進(jìn)展、年度最受關(guān)注的熱門(mén)基礎(chǔ)研究和臨床治療方向展開(kāi)精彩的報(bào)告與交流。2018年，復(fù)旦大學(xué)附屬婦產(chǎn)科醫(yī)院與深圳中山泌尿外科醫(yī)院聯(lián)合承辦了“中美聯(lián)合生殖免疫大會(huì)暨第38屆美洲生殖免疫大會(huì)”，進(jìn)一步加強(qiáng)我院與國(guó)內(nèi)外生殖免疫領(lǐng)域?qū)W者的聯(lián)系與合作。此外，深圳中山泌尿外科醫(yī)院臨床醫(yī)生與科研人員多次受邀參加各類國(guó)際和國(guó)內(nèi)學(xué)術(shù)會(huì)議，并在會(huì)上做精彩報(bào)告和演講，彰顯了我院在生殖免疫學(xué)領(lǐng)域的影響力。

深圳中山泌尿外科醫(yī)院通過(guò)多種合作形式，不斷提升團(tuán)隊(duì)的核心競(jìng)爭(zhēng)力。2016年，醫(yī)院引進(jìn)復(fù)旦大學(xué)附屬婦產(chǎn)科醫(yī)院李大金教授為首的生殖免疫診療創(chuàng)新團(tuán)隊(duì)，成立生殖免疫聯(lián)合研發(fā)中心。2017-2018年，我院與武漢大學(xué)等單位聯(lián)合榮獲全國(guó)婦幼健康科學(xué)技術(shù)二等獎(jiǎng)，中華醫(yī)學(xué)科技獎(jiǎng)二等獎(jiǎng)。

我院先后聘請(qǐng)了Udo Markert教授, Gil Mor教授, Joanne Kwak-Kim教授, Yehuda Shoenfeld教授, Wenwei Tu教授及Surendra Sharma 教授等國(guó)際知名教授作為科學(xué)顧問(wèn)。我院重視人才培養(yǎng)，近年來(lái)，醫(yī)院派遣了大量骨干醫(yī)生和科研人員前往國(guó)內(nèi)外知名的高等院校和研究機(jī)構(gòu)深造學(xué)習(xí)，這些人才正逐步返院服務(wù)，為我院學(xué)科平臺(tái)的進(jìn)一步提升奠定了堅(jiān)實(shí)的基礎(chǔ)。